معرفی رزین Strep-TactinXT
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
این رزین یکی از رزین های مقرون به صرفه در فرایند خالص سازی پروتئین های نوترکیب با استفاده از روش FPLC است که می توان در مقیاس ازمایشگاهی و صنعتی برای خالص سازی پروتئین از آن استفاده کرد.
رزین Strep-TactinXT به راحتی با محلول 100 میلی‌مولار سدیم هیدروکسید (NaOH) قابل بازسازی است. این فرآیند به سادگی بعد از مرحله الوشن پروتئین نهایی انجام می‌شود.
استفاده مجدد از رزین در کاربردهای بیوپروسسینگ به صرفه‌جویی در زمان و هزینه کمک می‌کند و همچنین به جلوگیری از مسدود شدن ستون‌ها کمک می‌کند.
رزین Strep-TactinXT به دلیل ویژگی‌های اتصال و پایداری بالای خود، مناسب برای چرخه‌های بازسازی متعدد و حتی فرآیندهای شستشوی در محل (CIP) است.
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
این رزین یکی از رزین های مقرون به صرفه در فرایند خالص سازی پروتئین های نوترکیب با استفاده از روش FPLC است که می توان در مقیاس ازمایشگاهی و صنعتی برای خالص سازی پروتئین از آن استفاده کرد.
رزین Strep-TactinXT به راحتی با محلول 100 میلی‌مولار سدیم هیدروکسید (NaOH) قابل بازسازی است. این فرآیند به سادگی بعد از مرحله الوشن پروتئین نهایی انجام می‌شود.
استفاده مجدد از رزین در کاربردهای بیوپروسسینگ به صرفه‌جویی در زمان و هزینه کمک می‌کند و همچنین به جلوگیری از مسدود شدن ستون‌ها کمک می‌کند.
رزین Strep-TactinXT به دلیل ویژگی‌های اتصال و پایداری بالای خود، مناسب برای چرخه‌های بازسازی متعدد و حتی فرآیندهای شستشوی در محل (CIP) است.
عاشقانه_همایون شجریان
@homayoonshajarian2
«عاشقانه»
خواننده: همایون شجریان
شعر،آهنگ و نوازنده‌ی تار:
حمید متبسم
اجرای گروه «دستان»
در تارهای عشق تو پیچیده‌ام عزیز
بر بند سخت زلف تو تابیده‌ام عزیز
از آفتاب مهر تو روییده‌ام ز خاک
در سایه‌سار سرو تو آسوده‌ام عزیز
چون برگ زرد
چون برگ زرد
به روی زمین سرد
به روی زمین سرد
چون برگ زرد
جانانه در گذار تو افتاده‌ام عزیز
در تارهای عشق تو پیچیده‌ام عزیز
بر بند سخت زلف تو تابیده‌ام عزیز
«عاشقانه»
خواننده: همایون شجریان
شعر،آهنگ و نوازنده‌ی تار:
حمید متبسم
اجرای گروه «دستان»
در تارهای عشق تو پیچیده‌ام عزیز
بر بند سخت زلف تو تابیده‌ام عزیز
از آفتاب مهر تو روییده‌ام ز خاک
در سایه‌سار سرو تو آسوده‌ام عزیز
چون برگ زرد
چون برگ زرد
به روی زمین سرد
به روی زمین سرد
چون برگ زرد
جانانه در گذار تو افتاده‌ام عزیز
در تارهای عشق تو پیچیده‌ام عزیز
بر بند سخت زلف تو تابیده‌ام عزیز
اگر روزی از ما بپرسن لایف استایل اکادمیکت چطوریه، در جواب خواهیم گفت: عمری بود کوتاه صرف خواندن مقالات Wang, Dang, Zhang, Li و San شد 😂😂
به راستی چرا این فامیلیا کل لیتریچر یه تنه استثمار کردن😂
به راستی چرا این فامیلیا کل لیتریچر یه تنه استثمار کردن😂
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
اگر روزی از ما بپرسن لایف استایل اکادمیکت چطوریه، در جواب خواهیم گفت: عمری بود کوتاه صرف خواندن مقالات Wang, Dang, Zhang, Li و San شد 😂😂 به راستی چرا این فامیلیا کل لیتریچر یه تنه استثمار کردن😂
حضرات Wang, Dang, Zhang, Li و San و البته Cheng در حال نگارش مقاله 😂 همشون شبیه هم هستن مثل مقالاتشون
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
معرفی ابزار TTMD
ابزار TTMD یک ابزار مبتنی بر پایتون برای بررسی دینامیک مولکولی تیتراسیون حرارتی برای پالایش پس از داکینگ کمپلکس‌های پپتید یا پروتئین-RNA می باشد
داکینگ مولکولی یکی از پرکاربردترین روش‌های محاسباتی در طراحی دارو به‌صورت منطقی است، زیرا تعادلی مطلوب بین سرعت اجرا و دقت نتایج ارائه‌شده دارد.
با این حال، علی‌رغم کارایی بالا در بررسی درجه‌های آزادی کانفورماسیونی لیگاند، برنامه‌های داکینگ گاهی در امتیازدهی و رتبه‌بندی پوزهای تولیدشده دچار خطا می‌شوند. با استفاده از TTMD می توانید این ریفاینمنت‌های پس از داکینگ را به درستی انجام دهید.
ابزار TTMD یک ابزار مبتنی بر پایتون برای بررسی دینامیک مولکولی تیتراسیون حرارتی برای پالایش پس از داکینگ کمپلکس‌های پپتید یا پروتئین-RNA می باشد
داکینگ مولکولی یکی از پرکاربردترین روش‌های محاسباتی در طراحی دارو به‌صورت منطقی است، زیرا تعادلی مطلوب بین سرعت اجرا و دقت نتایج ارائه‌شده دارد.
با این حال، علی‌رغم کارایی بالا در بررسی درجه‌های آزادی کانفورماسیونی لیگاند، برنامه‌های داکینگ گاهی در امتیازدهی و رتبه‌بندی پوزهای تولیدشده دچار خطا می‌شوند. با استفاده از TTMD می توانید این ریفاینمنت‌های پس از داکینگ را به درستی انجام دهید.
خبر شیرین است و خواندنی!
محققان مؤسسه طراحی پروتئین با استفاده از شبکه RFdiffusion، نمایش مخمری و میکروسکوپ الکترونی کرایو (Cryo-EM) موفق به طراحی و تأیید تجربی آنتی‌بادی‌های de novo با دقت اتمی شدند.
در این پژوهش، آنتی‌بادی‌های VHH و scFv به‌طور خاص برای اپی‌توپ‌های مشخص طراحی شده و با Cryo-EM تأیید شد که ساختار و نحوه اتصال آن‌ها با دقت بالا بازتولید شده است.
این مطالعه همچنین برای اولین بار scFvهای de novo را برای هدف‌گیری سم TcdB و کمپلکس Phox2b-pMHC طراحی کرده است. نتایج نشان می‌دهند که این روش می‌تواند آینده طراحی آنتی‌بادی‌های درمانی مبتنی بر هوش مصنوعی را متحول کند.
دانلود RFantibody
محققان مؤسسه طراحی پروتئین با استفاده از شبکه RFdiffusion، نمایش مخمری و میکروسکوپ الکترونی کرایو (Cryo-EM) موفق به طراحی و تأیید تجربی آنتی‌بادی‌های de novo با دقت اتمی شدند.
در این پژوهش، آنتی‌بادی‌های VHH و scFv به‌طور خاص برای اپی‌توپ‌های مشخص طراحی شده و با Cryo-EM تأیید شد که ساختار و نحوه اتصال آن‌ها با دقت بالا بازتولید شده است.
این مطالعه همچنین برای اولین بار scFvهای de novo را برای هدف‌گیری سم TcdB و کمپلکس Phox2b-pMHC طراحی کرده است. نتایج نشان می‌دهند که این روش می‌تواند آینده طراحی آنتی‌بادی‌های درمانی مبتنی بر هوش مصنوعی را متحول کند.
دانلود RFantibody
در هنگام انجام کشت های میکروبی، پتری دیش‌ها معمولاً به‌صورت وارونه انکوبه می‌شوند تا از تأثیر منفی تراکم بخار آب جلوگیری شود.
در صورت انکوباسیون در حالت عادی، رطوبت حاصل از میعان روی درب ظرف می‌تواند روی سطح آگار چکه کرده و رشد میکروبی را مختل یا باعث آلودگی شود.
اما با برعکس قرار دادن ظرف، این رطوبت روی درب باقی مانده و از تأثیرگذاری بر کشت جلوگیری می‌کند. این تکنیک ساده اما مؤثر، دقت و قابلیت اطمینان آزمایش‌های میکروبی را افزایش می‌دهد.
در صورت انکوباسیون در حالت عادی، رطوبت حاصل از میعان روی درب ظرف می‌تواند روی سطح آگار چکه کرده و رشد میکروبی را مختل یا باعث آلودگی شود.
اما با برعکس قرار دادن ظرف، این رطوبت روی درب باقی مانده و از تأثیرگذاری بر کشت جلوگیری می‌کند. این تکنیک ساده اما مؤثر، دقت و قابلیت اطمینان آزمایش‌های میکروبی را افزایش می‌دهد.
اهمیت کایرالیتی در MD
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
تغییر کایرالیتی در زنجیره جانبی اسیدهای آمینه مانند والین یا لوسین می‌تواند باعث مشکلات جدی در شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی (MD) شود، زیرا منجر به درگیری‌های استریک و تغییرات غیرطبیعی در تعاملات مولکولی می‌شود.
برای جلوگیری از این مشکلات، باید قبل از استفاده از ساختارها در شبیه‌سازی‌ها یا کاربردهای دیگر، کایرالیتی آن‌ها بررسی و در صورت نیاز تصحیح شود. این کار می‌تواند با استفاده از ابزارهایی مانند makeCHIR_RST در AMBER یا انجام بهینه سازی انرژی برای اصلاح ژئومتری ساختاری انجام شود.
آموزش گام به گام نصب آمبرتولز در لینوکس
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
تغییر کایرالیتی در زنجیره جانبی اسیدهای آمینه مانند والین یا لوسین می‌تواند باعث مشکلات جدی در شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی (MD) شود، زیرا منجر به درگیری‌های استریک و تغییرات غیرطبیعی در تعاملات مولکولی می‌شود.
برای جلوگیری از این مشکلات، باید قبل از استفاده از ساختارها در شبیه‌سازی‌ها یا کاربردهای دیگر، کایرالیتی آن‌ها بررسی و در صورت نیاز تصحیح شود. این کار می‌تواند با استفاده از ابزارهایی مانند makeCHIR_RST در AMBER یا انجام بهینه سازی انرژی برای اصلاح ژئومتری ساختاری انجام شود.
آموزش گام به گام نصب آمبرتولز در لینوکس
معرفی ابزار BAM-readcount
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
ابزار BAM-readcount یک ابزار بیوانفورماتیکی است که بر روی فایل‌های BAM یا CRAM اجرا می‌شود و اطلاعات سطح پایین در مورد داده‌های توالی‌یابی در موقعیت‌های نوکلئوتیدی خاص تولید می‌کند. خروجی‌های آن شامل بازهای مشاهده‌شده، شمارش خوانش ها، خلاصه‌ای از کیفیت‌های نقشه‌گذاری و کیفیت‌های باز، اطلاعات مربوط به جهت‌دار بودن، شمارش‌های مغایرت و موقعیت درون خوانش ها است.
این ابزار که در ابتدا برای کمک به فیلتر کردن فراخوانی‌های جهش ژنومی طراحی شده بود، متریک‌هایی که BAM-readcount تولید می‌کند، همچنین به عنوان ورودی برای ابزارهای شناسایی واریانت و برای رفع ابهام بین فراخوانی‌کننده‌های واریانت مفید است. برای نصب و اجرای این ابزار کدهای زیر را به ترتیب در ترمینال خود اجرا کنید.
پیش نیازهای نصب:
1- cmake
2- gcc compiler (latest vers
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
ابزار BAM-readcount یک ابزار بیوانفورماتیکی است که بر روی فایل‌های BAM یا CRAM اجرا می‌شود و اطلاعات سطح پایین در مورد داده‌های توالی‌یابی در موقعیت‌های نوکلئوتیدی خاص تولید می‌کند. خروجی‌های آن شامل بازهای مشاهده‌شده، شمارش خوانش ها، خلاصه‌ای از کیفیت‌های نقشه‌گذاری و کیفیت‌های باز، اطلاعات مربوط به جهت‌دار بودن، شمارش‌های مغایرت و موقعیت درون خوانش ها است.
این ابزار که در ابتدا برای کمک به فیلتر کردن فراخوانی‌های جهش ژنومی طراحی شده بود، متریک‌هایی که BAM-readcount تولید می‌کند، همچنین به عنوان ورودی برای ابزارهای شناسایی واریانت و برای رفع ابهام بین فراخوانی‌کننده‌های واریانت مفید است. برای نصب و اجرای این ابزار کدهای زیر را به ترتیب در ترمینال خود اجرا کنید.
پیش نیازهای نصب:
1- cmake
2- gcc compiler (latest vers
ion)
نحوه نصب:$ git clone https://github.com/genome/bam-readcount
$ cd bam-readcount
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake ..
$ make
$ ./bin/bam-readcount
در میکروبیولوژی، شناسایی رشد باکتری‌ها روی محیط‌های انتخابی مرحله‌ای مهم در تشخیص است و یکی از رایج‌ترین محیط‌ها، آگار ایوزین متیلن بلو (EMB) است.
این محیط انتخابی و تفاضلی برای جداسازی باکتری‌های گرم منفی طراحی شده و تفاوت بین تخمیرکنندگان لاکتوز و غیر تخمیرکنندگان را تشخیص می‌دهد.
باکتری E. coli یکی از شناخته‌شده‌ترین واکنش‌ها را روی این آگار نشان می‌دهد و با تخمیر لاکتوز، رنگ سبز فلزی مشخصی تولید می‌کند که نشانگر حضور آن است.
این ویژگی برای شناسایی سریع پاتوژن‌ها، به‌ویژه در آزمایش‌های آب، ایمنی غذایی و محیط‌های بالینی، اهمیت زیادی دارد.
این محیط انتخابی و تفاضلی برای جداسازی باکتری‌های گرم منفی طراحی شده و تفاوت بین تخمیرکنندگان لاکتوز و غیر تخمیرکنندگان را تشخیص می‌دهد.
باکتری E. coli یکی از شناخته‌شده‌ترین واکنش‌ها را روی این آگار نشان می‌دهد و با تخمیر لاکتوز، رنگ سبز فلزی مشخصی تولید می‌کند که نشانگر حضور آن است.
این ویژگی برای شناسایی سریع پاتوژن‌ها، به‌ویژه در آزمایش‌های آب، ایمنی غذایی و محیط‌های بالینی، اهمیت زیادی دارد.
برای یادگیری بیوانفورماتیک از کجا شروع کنیم؟
برای یادگیری بیوانفورماتیک بایستی همیشه مطالعه کنید و مهمتر از همه باید رودمپ داشته باشین اینکه وقت و هزینتون هدر بدین و فقط برین دوره شرکت کنین و ورکشاپ برین و کلی هزینه کنین فقط بهتره که اول خودتون مهک بزنین.
اول از همه باید یک بیس اماری داشته باشین و مفاهیم و فرمول های اماری رو به صورت کاربردی بلد باشین. مفاهیمی مانند واریانس، انحراف معیار، میانگین و... رو بلد باشین.
دوم بیوشیمی پروتئین ها و ترکیبات ارگانیک رو بلد باشید. حتی المقدور برای لیگاندها و متابولیت ها روی یک گروه خاص متمرکز شوید و در همان راستا جلو روید.
سوم، مباحث پایه ژنتیکی و ژنومی رو بلد باشین تا بتونین از لحاظ مولکولی تفسیرگر خوبی باشین.
چهارم با اسکریپت نویسی با یکی از زبان های برنامه نویسی مثل bash، python یا R آشنایی داشته باشین و بتونین کارتون رو جلو ببرین.
پنجم، ساختار ژن ها و پروتئین ها رو بلد باشین و اطلاعات داشته باشین.
ششم متناسب با بیس لیسانس و ارشدتون دنبال بیوانفورماتیک برین.
هفتم، جستجوگر خیلی خوبی در محیط اکادمیک باشین و با روش تحقیق و پرسشگری اشنا باشید.
هشتم، مقالات مرتبط رو بخونین و مطالعه پیوسته داشته باشید.
نهم، وقتتون تو ورکشاپا و دوره های بی فایده و بدون عملکرد تلف نکنین.
دهم، خودتون رو غرق یادگیری صدها ابزار نکنین. یه ابزار خوب یادبگیرین باهاش صدتا کار انجام بدین و مهمتر از همه بایستی برنامه نویسی بلد باشین تا بتونین ماهیت کلی ساختار داده های زیستی دریابید. در ادامه نکات بیشتری براتون میزاریم که در مدت زمان کمتری فرایندهای محاسباتی رو یاد بگیرید.
🧬@IRBioinformatics
برای یادگیری بیوانفورماتیک بایستی همیشه مطالعه کنید و مهمتر از همه باید رودمپ داشته باشین اینکه وقت و هزینتون هدر بدین و فقط برین دوره شرکت کنین و ورکشاپ برین و کلی هزینه کنین فقط بهتره که اول خودتون مهک بزنین.
اول از همه باید یک بیس اماری داشته باشین و مفاهیم و فرمول های اماری رو به صورت کاربردی بلد باشین. مفاهیمی مانند واریانس، انحراف معیار، میانگین و... رو بلد باشین.
دوم بیوشیمی پروتئین ها و ترکیبات ارگانیک رو بلد باشید. حتی المقدور برای لیگاندها و متابولیت ها روی یک گروه خاص متمرکز شوید و در همان راستا جلو روید.
سوم، مباحث پایه ژنتیکی و ژنومی رو بلد باشین تا بتونین از لحاظ مولکولی تفسیرگر خوبی باشین.
چهارم با اسکریپت نویسی با یکی از زبان های برنامه نویسی مثل bash، python یا R آشنایی داشته باشین و بتونین کارتون رو جلو ببرین.
پنجم، ساختار ژن ها و پروتئین ها رو بلد باشین و اطلاعات داشته باشین.
ششم متناسب با بیس لیسانس و ارشدتون دنبال بیوانفورماتیک برین.
هفتم، جستجوگر خیلی خوبی در محیط اکادمیک باشین و با روش تحقیق و پرسشگری اشنا باشید.
هشتم، مقالات مرتبط رو بخونین و مطالعه پیوسته داشته باشید.
نهم، وقتتون تو ورکشاپا و دوره های بی فایده و بدون عملکرد تلف نکنین.
دهم، خودتون رو غرق یادگیری صدها ابزار نکنین. یه ابزار خوب یادبگیرین باهاش صدتا کار انجام بدین و مهمتر از همه بایستی برنامه نویسی بلد باشین تا بتونین ماهیت کلی ساختار داده های زیستی دریابید. در ادامه نکات بیشتری براتون میزاریم که در مدت زمان کمتری فرایندهای محاسباتی رو یاد بگیرید.
🧬@IRBioinformatics