نحوه نصب Amber22 در اوبنتو 2023:
برای نصب Amber در لینوکس مراحل زیرا را انجام دهید.
1- نصب پیش نیازهای امبر: ابتدا به مسیر روت رفته و سپس دستورات زیر را در ترمینال اجرا کنید. دقت کنید که برای رفتن به روت سیستم باید از دستور sudo su یا sudo -s استفاده کنید.

$ sudo apt-get update & upgrade
$ sudo apt install cmake
$ sudo apt -y update
$ sudo apt -y install tcsh make
$ sudo apt install gcc
$ sudo apt -y install gcc gfortran
$ sudo apt -y install flex bison patch
$ sudo apt -y install bc xorg-dev libbz2-dev wget
$ sudo apt-get install gcc build-essential

2- پس از نصب موارد بالا، اکنون در مسیر /opt/ بایستی یک زیرفولدر دیگر به اسم amber با استفاده از دستورات زیر ایجاد کنید. برای اینکار ابتدا با استفاده از دستور cd به مسیر /opt/ رفته و سپس با استفاده از mkdir یک پوشه به اسم amber مطابق فرامین زیر ایجاد نمایید.

$ cd /opt/
$ mkdir amber
$ cd amber/

3- اکنون فایل های AmberTools22.tar.bz2 و Amber22.tar.bz2 را در پوشه امبر کپی کنید. این فایل ها در کانال موجود است و میتوانید مستقیم آنها را از این کانال دانلود کنید. در صورت مشکل دانلود، می توانید از سایت امبر نیز آنها را دریافت نمایید. در این آدرس https://ambermd.org/GetAmber.php می توانید فایل های بالا را دانلود کنید. سپس با استفاده از دستور tar xvjf این دو فایل را از حالت فشرده خارج کنید.
4- اکنون پس از باز کردن فایل های مرحله 3 با استفاده از دستور cd وارد پوشه build در مسیر /opt/amber/amber22_src/build شوید و دستور زیر را اجرا کنید. دقت داشته باشید قبل از اجرای این دستورات بایستی در فایل run_cmake_file مقدار پارامتر DOWNLOAD_MINICONDA را بر روی FALSE تنظیم کنید و به cmake اجازه دهید به صورت اتوماتیک مسیر نصب پایتون را بر روی سیستم شما پیدا کند.

$ cd    /opt/amber/amber22_src/build
$ ./run_cmake
$ make install
$ source /opt/amber/amber22/amber.sh

5- برای اینکه به طور کامل به امبر در ترمینال دسترسی داشته باشید مسیر نصب امبر را در انتهای فایل bashrc سیستم عامل کپی کنید و آن را ذخیره کنید. و در نهایت ترمینال را اپدیت کرده، و ببندید. تبریک! شما با موفقیت نرم افزار امبر را نصب کردید و نیاز نیست در هیچ ورکشاپی برای یادگیری این مورد شرکت کنید و ساعت ها وقت و هزینه خود را صرف یادگیری این مبحث نمایید. برای نصب امبرتولز 2022 هم میتوانید موارد بالا را انجام دهید.

🧬@IRBioinformatics