روش‌های کمی‌سازی داده‌های RNA-Seq شامل تکنیک‌هایی هستند که به منظور اندازه‌گیری سطح بیان ژن‌ها یا ترنسکریپت‌ها از داده‌های توالی‌یابی RNA به‌کار می‌روند. این روش‌ها معمولاً پس از مرحله پیش‌پردازش و تراز کردن خوانش‌ها (reads) به ژنوم یا ترنسکریپتوم مرجع انجام می‌شوند. از جمله رایج‌ترین روش‌های کمی‌سازی می‌توان به HTSeq و featureCounts اشاره کرد که تعداد خوانش‌های تراز شده به هر ژن را شمارش می‌کنند. همچنین، روش‌هایی مانند RSEM، Salmon و Kallisto از رویکردهای شبه-تراز (pseudo-alignment) یا مدل‌های آماری پیچیده برای برآورد فراوانی نسبی ترنسکریپت‌ها (TPM, FPKM یا RPKM) استفاده می‌کنند. این روش‌ها سرعت بالا و دقت مناسبی در شناسایی سطح بیان ژن دارند و در تحلیل‌های پایین‌دستی مانند شناسایی ژن‌های متفاوت‌بیان یا شبکه‌های هم‌بیان استفاده می‌شوند.

روش های
TPM (Transcripts Per Million)
FPKM (Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads) RPKM (Reads Per Kilobase of transcript per Million mapped reads) از جمله روش‌های نرمال‌سازی داده‌های RNA-Seq هستند که برای مقایسه سطح بیان ژن‌ها به کار می‌روند.

هدف این روش‌ها حذف اثرات طول ژن و عمق توالی‌یابی (sequencing depth) برای مقایسه عادلانه‌تر بین ژن‌ها و نمونه‌ها است. در روش RPKM (برای خوانش های single end) و FPKM (برای خوانش های paired end)، تعداد خوانش‌های تراز شده به هر ژن بر طول ژن (به کیلوباز) و تعداد کل خوانش‌ها (به میلیون) تقسیم می‌شود.

اما روش TPM ابتدا داده‌ها را بر طول ژن نرمال‌سازی کرده و سپس به‌گونه‌ای مقیاس‌بندی می‌کند که مجموع بیان تمام ژن‌ها در هر نمونه برابر یک میلیون شود. این ویژگی باعث می‌شود TPM برای مقایسه بین نمونه‌ها مناسب‌تر از RPKM/FPKM باشد.

مقایسه روش های مورد استفاده برای نرمال سازی داده های RNAseq. یک مقاله عالی و خواندی برای یادگیری بحث TPM، FPKM و RPKM

معرفی نرم افزار Fastqc
ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی کشاورزی دانشگاه تربیت مدرس تهران

ابزار FastQC یک نرم‌افزار کنترل کیفیت است که به کاربران اجازه می‌دهد تا بررسی‌های متعددی بر روی داده‌های خام حاصل از توالی‌یابی‌های با توان بالا مانند پلتفرم‌های Illumina و ABI SOLiD که در قالب فایل FASTQ تولید شده‌اند، انجام دهند. این نرم‌افزار به‌عنوان خروجی، یک گزارش جامع چندصفحه‌ای از ترکیب و کیفیت قرائت‌ها (Reads) در قالب HTML تولید می‌کند که برای هر یک از قرائت‌ها یک صفحه اختصاصی دارد.

1- دانلود نرم افزار

2- تفسیر خروجی های نرم افزار

قانون اعداد بزرگ یکی از مفاهیم کلیدی در آمار است که نشان می‌دهد با افزایش تعداد نمونه‌های تصادفی از یک توزیع، میانگین نمونه‌ای به مقدار میانگین واقعی یا امید ریاضی آن توزیع نزدیک‌تر می‌شود. این اصل کمک می‌کند تا بفهمیم چرا نمونه‌های بزرگ‌تر نتایج آماری پایدارتر و قابل‌اعتمادتری تولید می‌کنند، در حالی‌که نمونه‌های کوچک ممکن است الگوهای اشتباه و پرنوسانی نشان دهند. این مفهوم پایه‌ای برای شبیه‌سازی، استنباط آماری و روش‌های مونت‌کارلو است. برای مشاهده عملی این پدیده می‌توانید در زبان R از تابع rnorm() و در پایتون از numpy.random.normal() به‌همراه رسم نمودار چگالی استفاده کنید.

دانشمندان کره‌جنوبی در مؤسسه KAIST به کشف انقلابی در درمان سرطان روده بزرگ دست یافته‌اند. این تیم به رهبری پروفسور کوانگ-هیون چو، موفق شده‌اند سلول‌های سرطانی را به حالت طبیعی بازگردانند، بدون نیاز به نابودسازی آن‌ها.

این روش نوآورانه با بهره‌گیری از فناوری «دوقلوی دیجیتال» و شبیه‌سازی تعاملات ژنی، کلیدهای مولکولی مؤثر در این بازبرگشت را شناسایی کرده است.

برخلاف روش‌های سنتی که با از بین بردن سلول‌های سرطانی همراه‌اند و عوارض جانبی زیادی دارند، این روش می‌تواند درمانی ایمن‌تر و مؤثرتر باشد. اگر تحقیقات بیشتر این نتایج را تأیید کند، تحول بزرگی در درمان سرطان رقم خواهد خورد.

New Scientist - April 26, 2025

New Scientist - April 26, 2025

روش Subtracted cloning یا کلون‌سازی تفریقی یک روش مولکولی برای شناسایی ژن‌هایی است که در یک نمونه (مثلاً بافت، سلول یا شرایط خاص) بیان می‌شوند، ولی در نمونه‌ی دیگر بیان نمی‌شوند یا کمتر بیان می‌شوند. این روش عمدتاً برای یافتن ژن‌های خاص شرایط یا تفاوت‌های بیان ژنی بین دو نمونه به کار می‌رود.

اطلاعات بیشتر

https://www.tgoop.com/IRBioinformatics

‏اولین فریاد، اولین اشک،همیشه از گلوی کارگران بلند میشه

با آرزوی بهبودی و سلامتی مصدومین بندرعباس و طلب آمرزش برای جان‌باختگان و صبر برای خانواده‌های این عزیزان🖤

معرفی #کتاب
عنوان: ژنتیک مولکولی پیشرفته
مخاطبان: دانشجویان ارشد و دکتری رشته های مرتبط با بیوتکنولوژی
ناشر: انتشارات دانشگاه بین المللی قزوین
سال انتشار: 1401
تعداد صفحات: 570
قیمت نسخه دیجیتال: 125 هزار تومان
کد تخفیف 30درصدی: OFF30
لینک خرید نسخه دیجیتال:👈 ورود
مشاهده فهرست مطالب: دانلود جزئیات

🔰 معرفی شده به عنوان منبع اصلی آزمون جامع دوره دکتری بیوتکنولوژی کشاورزی

اگر به بحث مهندسی کلروپلاست، بیان ژن با استفاده از سیستم پلاستیدی علاقه مند هستید این مقاله مروری که در سال 2023 چاپ شده است یکی از بهترین و کاربردی ترین رفرنس هایی است که با زبانی ساده و شیوا مباحث کلیدی مربوط به مهندسی کلروپلاست را توضیح داده است.

چالش ها و فرصت های پیش روی مهندسی متابولیت ها در میکروارگانیسم ها

یک مقاله مروری عالی با متنی بسیار خوب و کاربردی به همراه شکل های زیبا که در خصوص موضوع مهندسی متابولیت ها در میکروارگانیسم ها بحث می کنم و مباحث کلیدی این حوزه را به طور کامل پوشش می دهد.

معرفی #کتاب
عنوان: مبانی PCR و طراحی پرایمر (مقدماتی، پیشرفته)
مخاطبان: تمام علاقه مندان به حوزه زیست مولکولی و بیوتکنولوژی
ناشر: انتشارات پزشکی آثار سبحان
ویراست: سوم
تعداد صفحات: 572
قطع: وزیری
نوع کتاب: نسخه چاپی
لینک خرید: ورود به لینک خرید
تخفیف خرید آنلاین: 30 درصد
مشاهده فهرست مطالب: دانلود جزئیات

آقای چاووشی؛
صدای شما جهان ما را در آغوش می‌فشارد،
و ما غم را...