Warning: mkdir(): No space left on device in /var/www/tgoop/post.php on line 37

Warning: file_put_contents(aCache/aDaily/post/IRBioinformatics/--): Failed to open stream: No such file or directory in /var/www/tgoop/post.php on line 50
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی@IRBioinformatics P.2289
IRBIOINFORMATICS Telegram 2289
tgoop.com » United States » آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی » Telegram web » Post 2289
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
روش های
TPM (Transcripts Per Million)
FPKM (Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads) RPKM (Reads Per Kilobase of transcript per Million mapped reads) از جمله روش‌های نرمال‌سازی داده‌های RNA-Seq هستند که برای مقایسه سطح بیان ژن‌ها به کار می‌روند.

هدف این روش‌ها حذف اثرات طول ژن و عمق توالی‌یابی (sequencing depth) برای مقایسه عادلانه‌تر بین ژن‌ها و نمونه‌ها است. در روش RPKM (برای خوانش های single end) و FPKM (برای خوانش های paired end)، تعداد خوانش‌های تراز شده به هر ژن بر طول ژن (به کیلوباز) و تعداد کل خوانش‌ها (به میلیون) تقسیم می‌شود.

اما روش TPM ابتدا داده‌ها را بر طول ژن نرمال‌سازی کرده و سپس به‌گونه‌ای مقیاس‌بندی می‌کند که مجموع بیان تمام ژن‌ها در هر نمونه برابر یک میلیون شود. این ویژگی باعث می‌شود TPM برای مقایسه بین نمونه‌ها مناسب‌تر از RPKM/FPKM باشد.
❤4👍2🔥1
www.tgoop.com/IRBioinformatics/2289
586 viewsedited  



tgoop.com/IRBioinformatics/2289
Create:
Last Update:

روش های
TPM (Transcripts Per Million)
FPKM (Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads) RPKM (Reads Per Kilobase of transcript per Million mapped reads) از جمله روش‌های نرمال‌سازی داده‌های RNA-Seq هستند که برای مقایسه سطح بیان ژن‌ها به کار می‌روند.

هدف این روش‌ها حذف اثرات طول ژن و عمق توالی‌یابی (sequencing depth) برای مقایسه عادلانه‌تر بین ژن‌ها و نمونه‌ها است. در روش RPKM (برای خوانش های single end) و FPKM (برای خوانش های paired end)، تعداد خوانش‌های تراز شده به هر ژن بر طول ژن (به کیلوباز) و تعداد کل خوانش‌ها (به میلیون) تقسیم می‌شود.

اما روش TPM ابتدا داده‌ها را بر طول ژن نرمال‌سازی کرده و سپس به‌گونه‌ای مقیاس‌بندی می‌کند که مجموع بیان تمام ژن‌ها در هر نمونه برابر یک میلیون شود. این ویژگی باعث می‌شود TPM برای مقایسه بین نمونه‌ها مناسب‌تر از RPKM/FPKM باشد.

BY آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی




Share with your friend now:
tgoop.com/IRBioinformatics/2289

View MORE
Open in Telegram


Telegram News

Date: |

How to Create a Private or Public Channel on Telegram? Hashtags are a fast way to find the correct information on social media. To put your content out there, be sure to add hashtags to each post. We have two intelligent tips to give you: Activate up to 20 bots The initiatives announced by Perekopsky include monitoring the content in groups. According to the executive, posts identified as lacking context or as containing false information will be flagged as a potential source of disinformation. The content is then forwarded to Telegram's fact-checking channels for analysis and subsequent publication of verified information. Healing through screaming therapy
from us



Warning: filemtime(): stat failed for aCache/aDaily/post/IRBioinformatics/-- in /var/www/tgoop/post.php on line 323

Warning: filemtime(): stat failed for aCache/aDaily/post/IRBioinformatics/-- in /var/www/tgoop/post.php on line 324

روش های

 آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی TG
web: 2289
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی.Telegram web
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی Telegram TG Channel
Telegram Updated:
Telegram آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
FROM American