روش Bulk Segregant Analysis (#BSA) یک روش ژنتیکی قدرتمند برای شناسایی ژن‌ها یا نواحی ژنومی مرتبط با صفات خاص است. این روش معمولاً در مطالعات ژنتیکی گیاهان و موجودات مدل استفاده می‌شود و به ویژه برای شناسایی ژن‌های مسئول صفات کمی (QTLs#) یا صفات کیفی مفید است. BSA بر اساس مقایسه‌ی فراوانی آلل‌ها در دو گروه از افراد یک جمعیت (معمولاً والدین و فرزندان) کار می‌کند. این دو گروه شامل یک گروه با فنوتیپ مورد نظر (مانند مقاومت به بیماری) و یک گروه بدون آن فنوتیپ (مانند حساسیت به بیماری) است. با مقایسه‌ی تفاوت‌های ژنتیکی بین این دو گروه، می‌توان نواحی ژنومی مرتبط با صفت مورد نظر را شناسایی کرد.

به طور کلی QTL مخفف عبارت Quantitative Trait Locus (مکان صفت کمی) است و به ناحیه‌ای از ژنوم اشاره دارد که با تغییرات در یک صفت کمی (Quantitative Trait) مرتبط است. صفات کمی، صفاتی هستند که به جای داشتن حالت‌های مجزا (مانند مقاوم یا حساس)، به صورت طیفی از مقادیر پیوسته ظاهر می‌شوند. این صفات معمولاً تحت تأثیر چندین ژن و همچنین عوامل محیطی قرار می‌گیرند. مثال‌هایی از صفات کمی شامل قد، وزن، عملکرد محصولات زراعی، مقاومت به بیماری‌ها و میزان تولید متابولیت‌های خاص هستند.

در مرحله‌ی اول، یک جمعیت در حال تفرق مانند F2 یا backcross ایجاد می‌شود که از تلاقی دو والد با فنوتیپ‌های متفاوت (مثلاً مقاوم و حساس) به‌دست می‌آید. سپس، افراد این جمعیت بر اساس فنوتیپ مورد نظر به دو گروه تقسیم می‌شوند: یک گروه با فنوتیپ مورد نظر (مانند مقاومت) و یک گروه بدون آن (مانند حساسیت). DNA این دو گروه به صورت جداگانه استخراج شده و با هم مخلوط می‌شوند تا دو bulk DNA ایجاد شود. این bulkها نماینده‌ی کل ژنوم هر گروه هستند. سپس، از روش‌های توالی‌یابی نسل جدید (NGS) یا نشانگرهای مولکولی (مانند SNPها) برای مقایسه‌ی فراوانی آلل‌ها بین دو bulk استفاده می‌شود.

تلاقی Backcross (به فارسی: تلاقی بازگشتی) یک روش اصلاحی در ژنتیک و اصلاح نباتات زراعی است که برای انتقال یک یا چند ژن مطلوب از یک والد (معمولاً والد اهداکننده) به ژنوم والد دیگر (معمولاً والد گیرنده یا والد تکرارشونده) استفاده می‌شود. این روش به ویژه زمانی مفید است که بخواهیم یک صفت خاص (مانند مقاومت به بیماری یا یک ویژگی کیفی) را از یک والد به ژنوم والد دیگر منتقل کنیم، در حالی که بقیه ژنوم والد گیرنده حفظ شود.

در نهایت، با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی، نواحی ژنومی که در آن‌ها تفاوت معناداری در فراوانی آلل‌ها بین دو bulk وجود دارد، شناسایی می‌شوند. این نواحی به عنوان کاندیدای مرتبط با صفت مورد نظر در نظر گرفته می‌شوند. سپس، این نواحی با دقت بیشتری بررسی می‌شوند تا ژن‌های خاص مسئول صفت شناسایی شوند. BSA یک روش سریع و مقرون‌به‌صرفه برای شناسایی ژن‌های مرتبط با صفات پیچیده است و به ویژه در مطالعات ژنتیکی گیاهان کاربرد گسترده‌ای دارد.