✨ شبکه عصبی و پیش‌بینی سرطان با داده‌های بیان ژن (قسمت ۳)

🧬 در این بخش، با استفاده از کتابخانه‌های پایتون، داده‌های بیان ژن پیش‌پردازش و نرمال‌سازی شدند. سپس یک شبکه عصبی چندلایه (MLP) طراحی و برای طبقه‌بندی انواع سرطان آموزش داده شد.

📊 مدل با داده‌های آموزشی، اعتبارسنجی و تست ارزیابی شد و معیارهایی مانند دقت (Accuracy) و خطای آموزش بررسی گردید. علاوه بر این، نمودارهای تغییر دقت و خطا طی اپوک‌ها ترسیم شدند تا از عدم Overfitting اطمینان حاصل شود.

🚀 نتایج نشان دادند که شبکه‌های عصبی می‌توانند با کارایی بالا در تحلیل داده‌های ژنومی و تشخیص انواع سرطان مورد استفاده قرار گیرند.

جهت مشاهده قسمت قبلی کلیک کنید.

🔗 source

💿 همراه با زیرنویس تهیه‌شده در آکادمی بیوانفورماتیک ایران

📍Instagram | Linkedin | Support

╠ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠  @ir_bioinf_group

آکادمی دگرگشت ایران(وابسته به اتحاد زیست‌شناسان ایران) برگزار می‌کند‌.

💠 وبینار با عنوان

نظریه‌ی خروج از آفریقا

🗣 سخنران:
سرکار خانم دکتر زهره انواری
انسان‌شناس زیستی از دانشگاه موزه انسان پاریس


محورهای گفت‌وگو:

🔸بررسی شواهد موافق با این نظریه و شواهد مخالف با آن

🔸آیا منشا ما واقعا به آفریقا برمی‌گردد؟

⏰ زمان: چهارشنبه ۱۲ شهریورماه ۱۴۰۴
ساعت ۱۷ تا ۱۹

✅ همراه با گواهی معتبر

🖇 لینک ثبت‌نام وبینار


╔══════════════════╗
║ 🦍@ir_academy_evolution
╚══════════════════╝

🗝کلید ایمنی بیشتر با AlphaFold2

✅ یکی از عوامل مهم در فرآیند فعال‌سازی مؤثر سیستم ایمنی علیه ویروس‌ها، تعامل آنتی‌بادی‌ها با پروتئین‌های سطح ویروس است. یک مطالعه جدید نشان داده است که در این فرآیند تعداد آنتی‌بادی‌هایی که به پروتئین‌های سطح ویروس(Env) متصل می‌شوند، اهمیت بیشتری نسبت به محل اتصال یا قدرت چسبندگی آن‌‌ها دارد.

👩🏻‍🔬 پژوهشگران با استفاده از هوش مصنوعی (AlphaFold2) نسخه‌های مختلفی از پروتئین HIV را برای بررسی این موضوع طراحی کردند. نتایج نشان داد که وقتی سه آنتی‌بادی به ازای هر مجموعه پروتئین Env به ویروس متصل می شود، بیش‌ترین حد فعالیت سلول‌های ایمنی رخ می‌دهد.

📊 این یافته می‌تواند به تولید واکسن‌های بهتر علیه HIV و درمان‌های نوین ویروسی کمک زیادی بکند.

✍🏻 آیناز نصیری
🖌ویراستار:مریم حکمتی

💡source

📍Instagram | Linkedin | Support


╠ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ @ir_bioinf_group

⚡️جامع‌ترین بانک از داده‌های ''rRNA''⚡️

🦠 پایگاه ''SILVA'' یکی از جامع‌ترین و معتبرترین پایگاه‌های داده جهانی برای توالی‌های RNA ریبوزومی (rRNA) است که مجموعه‌های به‌روز و باکیفیتی از توالی‌های کوچک و بزرگ زیرواحدهای ''rRNA'' موجودات مختلف، شامل باکتری‌ها، آرکی‌ها، یوکاریوت‌ها و جلبک‌ها را گردآوری و پردازش کرده و در اختیار پژوهشگران حوزه‌‌های میکروبیولوژی و بیوانفورماتیک قرار می‌دهد.

🔷 این پایگاه با استفاده از آخرین روش‌های آنالیز فیلوژنتیکی و استانداردهای بین‌المللی طبقه‌بندی میکروارگانیسم‌ها، ابزارهای قدرتمندی برای جستجو، هم‌ترازی (Alignment) و تحلیل درخت‌های فیلوژنتیک عرضه می‌کند و داده‌های خام و پردازش‌شده را به‌طور رایگان و ساختارمند ارائه می‌دهد.

❓شما چه پایگاه‌های دیگری را می‌شناسید که در این حوزه کاربردی هستند؟ توی کامنت‌ها برامون بنویسید.

✍🏻 آریا دهنوی

🔗 لینک پایگاه:
https://www.arb-silva.de

📍Instagram | Linkedin | Support

╠ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ @ir_bioinf_group

✨ ترسیم ROC Curve و ارزیابی مدل‌های یادگیری ماشین (قسمت ۴)

🧮 در این بخش، با استفاده از Google Colab و کتابخانه‌های پایتون، داده‌های پزشکی (Pima Diabetes) پردازش و آماده‌سازی شدند. سپس دو مدل یادگیری ماشین Random Forest و SVM آموزش داده شدند.

📊 در ادامه، با ترسیم ROC Curve و محاسبه‌ی معیار AUC عملکرد مدل‌ها بررسی و مقایسه شد. همچنین مفاهیم کلیدی مانند حساسیت (Sensitivity) و ویژگی (Specificity) توضیح داده شدند.

🚀 نتایج نشان دادند که ROC Curve یکی از ابزارهای حیاتی در ارزیابی و انتخاب مدل‌های قابل اعتماد در یادگیری ماشین است.

جهت مشاهده قسمت قبلی کلیک کنید.

🔗 source

💿 همراه با زیرنویس تهیه‌شده در آکادمی بیوانفورماتیک ایران

📍Instagram | Linkedin | Support

╠ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠  @ir_bioinf_group

وقتی بیوانفورماتیک‌کارا فکر می‌کنن فقط خودشون می‌تونن نمودار عجیبشونو تفسیر کنن! 🤓📊

#bioinformatic_meme

📍Instagram | Linkedin | Support


╠ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ @ir_bioinf_group

⏳تنها به مدت ۲۴ ساعت، امکان شرکت در بیش از ۲۰ دوره آموزشی اتحاد زیست‌شناسان ایران به صورت کاملاً رایگان فراهم شده است.

🔰اطلاعات بیشتر در پیام کوت شده...

🧬 کشف ژن‌های کلیدی سرطان روده با فناوری اُمیکس

⌛️ به تازگی یک مطالعه با استفاده از رویکرد مولتی‌اُمیکس، پرده از اسرار ژنتیکی سرطان کولورکتال برداشت. محققان با ادغام داده‌های ژنومیک، ترنسکریپتومیک و پروتئومیک موفق به شناسایی ژن‌های کلیدی مؤثر در این سرطان شدند.

👩🏻‍🔬 محققان توانستند شناسایی ۱۵۸ ژن با سیگنال‌های همپوشان در سطوح متیلاسیون و بیان چهار ژن کلیدی (CCM2, FTCD, ICAM1, TNFSF14) در سطوح بیان ژن و پروتئین را انجام دهند.

📊 این مطالعه با تحلیل داده‌های بیش از ۲۵۰‌هزار نفر،نقش سیستم ایمنی و التهاب را در ایجاد سرطان روده تأیید کرد. رویکرد مولتی‌اُمیکس امکان شناسایی هدف‌های درمانی جدید و توسعه داروهای شخصی‌سازی شده را فراهم می‌کند.

🔬 این کشف راه را برای توسعه روش‌های تشخیص زودهنگام و درمان‌های هدفمند بر پایه مکانیسم‌های مولکولی بیماری هموار می‌کند.

✍🏻 سهیلا سلحشورفرد

💡source

📍Instagram | Linkedin | Support


╠ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ @ir_bioinf_group

✨ اُمیکس: مسیر نوین پیشگیری و درمان فردمحور

🌟 متابولیت‌ها مولکول‌هایی حیاتی مانند گلوکز و ATP هستند که انرژی، حرکت و عملکردهای حیاتی بدن را ممکن می‌سازند. هرگونه تغییر در آن‌ها می‌تواند نشانه‌ای از دیابت، استرس یا اختلالات متابولیک باشد.

🧬 علم متابولومیکس با بررسی خون، ادرار و سایر نمونه‌های زیستی نشان می‌دهد که رژیم غذایی، سبک زندگی و حتی سفر فضایی چگونه تعادل شیمیایی بدن را دگرگون می‌کنند.

🚀 مطالعات ناسا بر روی دوقلوها نشان داده است که شرایط فضا تغییرات قابل‌توجهی در متابولیت‌ها ایجاد می‌کند؛ یافته‌ای که درک ما از سلامت، استرس و روند پیری را متحول می‌سازد.

📽 در این ویدیو با نقش متابولومیکس در آینده‌ی پزشکی دقیق آشنا شوید.

🚀ادامه دارد...
🔗 source

💿 همراه با زیرنویس تهیه‌شده در آکادمی بیوانفورماتیک ایران و آکادمی اخترزیست‌شناسی ایران


╠ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
✦ آکادمی اخترزیست‌شناسی ایران ✦

📊 آموزش گام‌به‌گام دانلود داده‌های بیان ژن از TCGA با پایتون

در این ویدیو، با روش دریافت داده‌های Gene Expression از دیتابیس TCGA و آماده‌سازی آن‌ها برای تحلیل‌های بیوانفورماتیکی آشنا می‌شویم.

🔹 نصب پیش‌نیازها
🔹 دانلود فایل Manifest
🔹 استفاده از GitHub Repository
🔹 اجرای اسکریپت‌های Python برای دانلود داده‌ها
🔹 دسته‌بندی داده‌ها به تفکیک نوع نمونه (Primary Tumor / Normal)

🔬 این آموزش، پایه‌ای برای تحلیل‌های پیشرفته مانند شناسایی بیومارکرها و مدل‌سازی سرطان فراهم می‌کند.

🔗 source

💿 همراه با زیرنویس تهیه‌شده در آکادمی بیوانفورماتیک ایران

📍Instagram | Linkedin | Support

╠ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠  @ir_bioinf_group

📈 آینده درمان‌های نوین: کاهش هزینه، افزایش دسترسی

🎗 در حال حاضر، حدود ۷۶ نوع ژن‌درمانی و سلول‌درمانی برای بیماری‌های سخت مانند سرطان و بیماری‌های نادر ساخته شده‌اند، ولی برای بیماری‌های دیگری مانند دیابت نوع ۱ و مشکلات عضلانی هم استفاده می‌شوند.

💸 بازار این نوع درمان‌ها رشد سریعی دارد و  پیش‌بینی می‌شود تا چند سال آینده به ارزشی بیش از ۴۰ میلیارد دلار برسد. فناوری‌های جدید مثل روش‌های دقیق ویرایش ژن، درمان با سلول‌های خاص، هوش مصنوعی و دستگاه‌های خودکار کمک زیادی در تسریع و بهبود عملکرد این درمان‌ها دارند.

🔮 در آینده باید تلاش کنیم تا چالش‌ هزینه‌‌ بالای درمان کاهش یافته، فرآیند تولید بهتر شده و افراد متخصص بیشتری آموزش ببینند تا استفاده از درمان‌های جدید برای همه بیماران ممکن باشد. همچنین باید بسترهایی برای آشنایی بیشتر مردم با این روش‌ها ایجاد شود.

💡source

✍🏻آیناز نصیری
🖌ویراستار:مریم حکمتی

📍Instagram | Linkedin | Support


╠ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ @ir_bioinf_group

⚡️ تحلیل داده‌های توموری در ایمونوانفورماتیک⚡️

🧬 پایگاه ''TIMER'' یکی از شناخته‌شده‌ترین و معتبرترین پلتفرم‌های آنلاین برای تحلیل تعامل دستگاه ایمنی با تومورها است که با استفاده از داده‌های پروژه‌های بزرگ مانند ''TCGA''، امکان بررسی نفوذ سلول‌های ایمنی مختلف به بافت‌های توموری را فراهم می‌کند. این پایگاه برای پژوهشگران حوزه‌های ایمونولوژی، انکولوژی و بیوانفورماتیک منبعی ارزشمند محسوب می‌شود.

🔷 پایگاه ''TIMER'' ابزارهای متنوعی برای آنالیز داده‌ها ارائه می‌دهد؛ از جمله تخمین فراوانی انواع سلول‌های ایمنی، بررسی همبستگی ژن‌ها با حضور این سلول‌ها، مقایسه بیان ژن بین نمونه‌ها و ترسیم نمودارهای قابل تفسیر. داده‌ها به‌شکلی ساختاریافته و رایگان در دسترس هستند و امکان تحلیل مستقیم را بدون نیاز به نصب نرم‌افزار فراهم می‌کنند.

❓شما چه ابزارهایی را در حوزه‌ی ایمونوانفورماتیک معرفی می‌کنید؟ پیشنهاداتتون رو در کامنت‌ها باهامون به‌اشتراک بگذارید.

✍🏻 مرضیه عبدالهی

🔗 لینک پایگاه:
https://cistrome.shinyapps.io/timer/

📍Instagram | Linkedin | Support

╠ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ @ir_bioinf_group

📌 در این آموزش، روش استخراج فایل‌های FASTA از داده‌های SRA با استفاده از ابزار SRA Toolkit به‌صورت گام‌به‌گام ارائه می‌شود.

🔹 مباحث مطرح‌شده در این آموزش:
نصب و راه‌اندازی SRA Toolkit
استخراج فایل‌های FASTA از داده‌های single-end و paired-end
بررسی و شمارش توالی‌ها با دستورات لینوکس
سفارشی‌سازی خروجی (تنظیم تعداد بازها در هر خط)
معرفی کاربرد Biopython در تحلیل فایل‌های FASTA

🎯 این آموزش برای پژوهشگران و دانشجویان حوزه بیوانفورماتیک و علوم زیستی طراحی شده است تا بتوانند داده‌های SRA را به‌صورت ساختاریافته برای تحلیل‌های بعدی آماده‌سازی کنند.

🔗 source

💿 همراه با زیرنویس تهیه‌شده در آکادمی بیوانفورماتیک ایران

📍Instagram | Linkedin | Support

╠ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠  @ir_bioinf_group

✨ از بین پایگاه‌های داده بزرگ امیکس کدومش رو بیشتر می‌شناسی یا تا حالا استفاده کردی؟
GEO، GTEx، TCGA یا ENCODE؟

💻 هر کدوم داده‌ها و کاربردهای خاص خودشون رو دارن؛ از
بیان ژن در بیماری‌ها تا نقشه‌برداری DNA!

#آکادمی_بیوانفورماتیک_ایران #امیکس #تحقیقات_زیستی #GEO #GTEx #TCGA #ENCODE

📍Instagram | Linkedin | Support

╠ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠  @ir_bioinf_group

🌅طلوع امیدی تازه برای بیماران ام‌اس پیشرونده با داروی توِلبراتینیب

👩🏻‍🔬 پژوهشگران از موفقیت چشمگیر یک داروی جدید به نام «توِلبراتینیب» در کند کردن روند بیماری ام‌اس پیشرونده بدون عود خبر می‌دهند. این دارو با توانایی نفوذ مستقیم به مغز و سیستم عصبی، التهاب مزمن را هدف می‌گیرد.

📚 در مطالعه جهانی «HERCULES» با حضور بیش از ۱۱۰۰ بیمار، توِلبراتینیب پیشرفت علائم را تا ۳۱٪ کاهش داد و حتی بهبود علائم در برخی افراد نیز گزارش شد. کاهش ضایعات جدید در MRI نیز از دیگر دستاوردهای مهم آن‌بود.

✅ با این حال، نظارت منظم بر عملکرد کبد به دلیل ریسک احتمالی افزایش آنزیم‌ها، از ضروریات مصرف این دارو است. این کشف، گامی بزرگ به سوی کنترل مؤثرتر ام‌اس است.

✍🏻 سهیلا سلحشورفرد

💡source


📍Instagram | Linkedin | Support


╠ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ @ir_bioinf_group

⚡️یکی از پیشرفته‌ترین پایگاه‌های تحلیل توالی‌‌ DNA و RNA⚡️

🧬 پایگاه DECIPHER یک بسته و پایگاه داده‌ی قدرتمند و رایگان در حوزه بیوانفورماتیک است که با هدف تشخیص، هم‌ترازی و تحلیل توالی‌های نوکلئوتیدی طراحی شده و به پژوهشگران این امکان را می‌دهد تا به‌راحتی مشکلاتی مانند نویز توالی، خطاهای تعیین توالی و نواحی کم‌کیفیت را شناسایی و اصلاح کنند.

🔷 این پایگاه و ابزارهای همراه آن شامل قابلیت‌هایی برای ساخت و تحلیل درخت‌های فیلوژنتیک، شناسایی ژن‌ها، بستن شکاف‌های هم‌ترازی (Alignment Gaps)، تشخیص ادغام یا حذف‌های بزرگ (Indels) و مقایسه‌های چندتوالی هستند. داده‌ها می‌توانند از ژنوم کامل، amplicon، یا داده‌های متابارکدینگ باشند و حتی به‌طور مستقیم از GenBank یا سایر پایگاه‌ها بارگذاری شوند.

❓شما تا حالا از DECIPHER یا ابزارهای مشابه مثل QIIME یا mothur استفاده کرده‌اید؟ تجربه‌تون رو توی کامنت‌ها بهمون بگید.

✍🏻 زهرا حنیفه‌زاده

🔗 لینک پایگاه:
http://DECIPHER.cee.wisc.edu

📍Instagram | Linkedin | Support

╠ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ @ir_bioinf_group

✨ بیوانفورماتیک: پلی برای فهم بهتر داده‌های ژنی

🌟 آی‌دی‌های ژنی در پایگاه Ensembl اغلب به‌صورت رشته‌های طولانی و نامفهوم نمایش داده می‌شوند. تبدیل این شناسه‌ها به نمادهای ژنی (HGNC Symbols) باعث می‌شود تحلیل‌های شما ساده‌تر، قابل‌فهم‌تر و حرفه‌ای‌تر ارائه شوند.

🧬 با استفاده از پکیج قدرتمند biomaRt در محیط R می‌توان تنها با چند خط کد، هزاران آی‌دی ژنی را به نماد ژنی متناظرشان تبدیل کرد؛ روشی ضروری برای آنالیزهایی مانند RNA-seq و مطالعات بیان ژن.

🚀 در این ویدیو مرحله‌به‌مرحله یاد می‌گیرید چگونه دیتابیس و دیتاست مناسب را انتخاب کنید، query بسازید و خروجی‌های خود را به نمادهای ژنی دقیق و استاندارد تبدیل کنید.

📽 با این آموزش، گزارش‌های شما خواناتر و علمی‌تر خواهند شد.

🔗 source

💿 همراه با زیرنویس تهیه‌شده در آکادمی بیوانفورماتیک ایران

📍Instagram | Linkedin | Support

╠ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠  @ir_bioinf_group

🔬 چالش دو هفته‌ای بیوانفورماتیک
این برنامه‌ی آموزشی هدفمند با رویکردی عملیاتی طراحی شده است تا شرکت‌کنندگان طی مدت دو هفته، هر روز صبح با یک آموزش تخصصی، تمرین ساختاریافته یا مسئله تحلیلی نوین مواجه شوند.

در جریان این چالش، شرکت‌کنندگان به‌صورت گام‌به‌گام با شاخه‌های اصلی بیوانفورماتیک، ابزارها و پایگاه‌های داده تخصصی و هوش مصنوعی و همچنین چشم‌اندازهای بازارکار و آینده‌ی این حوزه آشنا خواهند شد.

🎁 ۱۵ نفر از شرکت کنندگان در این مسابقه، جعبه‌ابزار تخصصی اتحاد را دریافت خواهند کرد.


📌 برای شرکت در مسابقه، پست رو استوری کرده و بعد از ۲۴ ساعت اسکرین شات استوری را برامون ارسال کنید.