❓Какие научные источники используют ученые в биотехе?

Как и везде, ученые в биотехе ищут публикации. Первое, куда можно отправиться, чтобы собрать библиотеку статей по интересующей теме — это портал NCBI, на котором великое множество полезных БД для биоинформатиков и биологов. Например, литературная БД по биомедицине PubMed, где есть абстракты статей. Еще статьи можно искать в ScienceDirect, Google Scholar, ResearchGate (это вообще целая соцсеть для ученых). А препринты публикаций лежат здесь: bioRxiv, chemRxiv

Чтобы проверить цитирования и библиометрию стоит воспользоваться Web of Science, Scopus, elibrary.ru, ORCID или istina.msu.ru.

❓Что, кроме статей и монографий, нужно исследователям в биотехе? Дата-сеты, базы с химическими формулами?

В своей работе ученые из биотеха используют не только публикации, но еще и многочисленные базы данных и различные программы. К счастью, очень много информации доступно в открытом доступе и ее может изучать любой желающий. Такая традиция началась еще c The Human Genome Project, когда было решено выложить прочитанный геном человека в общий доступ, а не патентовать.

Например, сегодня востребованы БД: нуклеотидные последовательности хранятся в GenBank (архив, куда ученые загружают данные секвенирования перед публикациями статей), а также в курируемой БД Refseq, аннотации геномов лежат в Ensembl, белковые последовательности — UniProt, 3D структуры белков — PDB, мутации — dbSNP, эпигенетика — ENCODE, онкология — TCGA, химические соединения — PubChem, метаболические пути — KEGG, клинические исследования — clinical.trials.gov. Мы привели лишь малую толику самых известных баз данных, еще больше можно найти тут.

Помимо информации из баз данных нужны различные инструменты для их обработки. Это могут быть веб-приложения (например, биоинформатический калькулятор protpi.ch), десктопные программы (Jmol, VMD, Origin, clustal, gnuplot). Или пакеты на R (например, pagoda, deseq2, больше тут) или библиотеки Python (matplotlib, seaborn и еще примеры) и других языках, которые биоинформатики запускают из командной строки. Есть крутые вещи на основе ИИ — к примеру, автоматический анализатор изображений CellProfiler.

❓С какими сложностями при поиске научных публикаций и данных сталкиваются исследователи в биотехе?

Многие базы данных, например, генов или геномов, никак не курируются экспертами и туда попадает непроверенная информация. Другая проблема — нехватка данных: пропущенные значения в датасетах, наличие информации только для модельных организмов (допустим, есть FlyBase для дрозофилы, но она не годится для других насекомых), данные разношерстные — их трудно интегрировать. Кроме того, многие геномы до сих пор не полностью собраны и хранятся в виде контиг, что затрудняет их активное использование.

К тому же, в статьях часто плохо описаны и поэтому невоспроизводимы протоколы экспериментальных методов.

Еще проблема — отсутствие публикаций в свободном доступе, тогда их нужно искать. Для этого можно использовать Sci-hub (статьи до 2021 года), Nexus Search bot. Отдельный челлендж — систематизировать литературу у себя на компьютере, тут поможет Mendeley.

❓Если ли интересные интернет-сервисы для исследователей в биотехе, которые мы можете посоветовать студентам?

Многие простые тулы доступны в браузере и не требуют навыков программирования. Скажем, легендарный онлайн-инструмент в биоинформатике, тоже поддерживаемый NCBI, — выравниватель BLAST, или геномные браузеры для удобной визуализации и сравнения геномов — UCSC Genome Browser, IGV.

Для упрощения работы и автоматизации можно также применять чат боты, к примеру, Phind для отладки кода, нашумевшие ChatGPT, Bard для автоматизации повседневных задач, или superbio.ai — мощный инструмент для биологов, через который, положим, можно запустить AlphaFold2 и посмотреть на предсказанные компьютером пространственные структуры протеинов!

Еще классная вещь Biorender — для рисования биологической инфографики.

💜 Ответила на вопросы команда канала "Бластим: работа и курсы в биотехе".

Друзья и подруги, привет!

Осенний семестр для меня выдался очень насыщенным и потому изматывающим. У меня много идей, но пока нет сил и времени, чтобы их реализовать. Поэтому какая-то библиотека уходит на каникулы, чтобы набраться сил для вас и контента.

Увидимся в январе! 💜