توانایی تولید محاسباتی ساختارهای پروتئینی جدید و قابل تا شدن می‌تواند به کشفیات زیستی جدید و درمان بیماری‌های لاعلاج منجر شود.

در این پژوهش، یک مدل تولیدی مبتنی بر انتشار (diffusion) ارائه شده است که ساختارهای اصلی پروتئین را با الهام از فرآیند طبیعی تا شدن پروتئین‌ها تولید می‌کند.

در این روش، ساختار پروتئین به‌عنوان دنباله‌ای از زوایا توصیف می‌شود که جهت‌گیری اتم‌های اصلی را نشان می‌دهند و با حذف نویز از یک حالت تصادفی و باز شده، به سمت ساختار پایدار هدایت می‌شوند.

این رویکرد نه تنها فرآیند طبیعی تا شدن پروتئین را تقلید می‌کند، بلکه با استفاده از یک مدل ساده مبتنی بر ترنسفورمر، ساختارهای پروتئینی بسیار واقع‌گرایانه و مشابه پروتئین‌های طبیعی تولید می‌کند.

کدها و مدل‌های آموزش‌دیده این پژوهش به‌صورت متن‌باز منتشر شده‌اند.

معجزه جدید تیم دیوید بیکر، برنده نوبل 2024

دانشمندان مدت‌ها به دنبال طراحی آنزیم‌های کاملاً جدید از پایه بوده‌اند، اما پویایی ساختاری آنزیم‌ها این کار را دشوار کرده است، زیرا بیشتر روش‌های طراحی پروتئین بر ساختارهای ایستا تکیه دارند.

گروه دیوید بیکر در پژوهشی جدید که در Science منتشر شده، روشی برای طراحی محاسباتی سرین هیدرولازها ارائه داده است. این آنزیم‌ها در فرآیندهایی مانند انعقاد خون، گوارش و سیگنال‌دهی عصبی نقش دارند. این پژوهش نه‌تنها امکان طراحی این دسته از آنزیم‌ها را نشان می‌دهد، بلکه راهی برای ساخت سایر پروتئین‌های دینامیک ارائه می‌کند.

کمتر از چندماه پیش نسخه 12 نرم افزار محبوب و رایگان mega منتشر شده است. در ورژن جدید مگا 12 کاربران قادر هستند تا آنالیزهای بیشتری در خصوص فرآیندهای تکاملی بر روی توالی های DNA و پروتئین انجام دهند، از امکانات بیشتری برای ویرایش درخت های فیلوژنتیکی برخوردار هستند و همچنین می توانند تست های آماری متفاوتی که قبلا بایستی با استفاده از نرم افزارهای تکاملی دیگری انها را انجام داد در مگا انجام دهند. در نسخه جدید مگا 12 حجم این نرم افزار به 219 مگابایت رسیده است که مقداری بزرگتر از ورژن 11 است. همچنین فیچرهای گرافیکی و دموهای رنگی این ابزار نیز دارای تغییرات بیشتری شده است و ویرایش های بیشتری را می توانید بر روی درخت فیلوژنی ترسیم شده اعمال کنید.
برای دانلود مگا 12 کلیک کنید.