در مقاله ای که چند روز پیش در ژورنال نیچر چاپ شده است اثرات مخرب استفاده از AI در حوزه پژوهشی علوم پزشکی و علوم زیستی بررسی شده است. براساس این مقاله، تکنولوژی هوش مصنوعی به شدت باعث افزایش تولید مقاله های بی کیفیت و فرمالیته و کلیشه ای شده است که صرفا برای پر کردن رزومه هستند و در افزایش کیفیت علمی علوم مربوطه هیچ نقشی ندارند....
https://www.nature.com/articles/d41586-025-01592-0
✅️https://www.tgoop.com/IRBioinformatics
https://www.nature.com/articles/d41586-025-01592-0
✅️https://www.tgoop.com/IRBioinformatics
Nature
AI linked to explosion of low-quality biomedical research papers
Nature - Analysis flags hundreds of studies that seem to follow a template, reporting correlations between complex health conditions and single variables based on publicly available data sets.
ostad.mp4
7.5 MB
قصه های دانشگاه : استاد دانشقند با تاکید بر استاد خوب 😂 و دانشجوی خوبتر😂😂
واکنش های تک سوبسترایی نوعی از واکنش های انزیمی هستند که می توان از طریق‌مدل انزیمی میکائلیس-منتن انها را توصیف کرد، اما همه ی واکنش های انزیمی تک سوبسترایی نیستند و غالب واکنش های زیستی به صورت دو یا چند سوبسترایی هستند که از معادله Lineweaver-Burk بایستی برای توصیف انها استفاده کرد. در ویدیو پیوست اساس واکنش های دو سوبسترایی و پینگ پنگی توضیح داده شده است که علاقه مندان به مباحث آنزیمی می توانند از محتویات آن استفاده نمایند.
لینک مشاهده
🧩 https://www.tgoop.com/IRBioinformatics
لینک مشاهده
🧩 https://www.tgoop.com/IRBioinformatics
Telegram
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
Iranian Researchers Bioinformatics Academy
Our sister channels:
✅️ https://www.tgoop.com/apply_for_future
Our private link:
✅️ https://zil.ink/h3nrasouli
Our sister channels:
✅️ https://www.tgoop.com/apply_for_future
Our private link:
✅️ https://zil.ink/h3nrasouli
LigPlus.zip
4.1 MB
نسخه نهایی نرم افزار ligplot+ برای برای مشاهده برهمکنش های پروتئین-لیگاند
توسعه کشت سلولی CHO تا 2000 لیتر شامل چندین چالش مهم است: محدودیت انتقال اکسیژن با طراحی اسپارگر و تنظیم kLa حل می‌شود.
استرس برشی با انتخاب پروانه مناسب و افزودن Pluronic F-68 کاهش می‌یابد
تغییر کیفیت محصول (مانند گلیکوزیلاسیون) از طریق ردیابی CPP/CQA و انتخاب کلون کنترل می‌شود.
گرادیان‌های pH و مواد مغذی با بهبود زمان اختلاط و تغذیه توزیع‌شده مدیریت می‌شوند و پارامترهای غیرقابل توسعه با مدل‌های کوچک‌سازی و مدلسازی پیش‌بینی‌کننده تطبیق داده می‌شوند تا پایداری و کیفیت محصول حفظ شود.
استرس برشی با انتخاب پروانه مناسب و افزودن Pluronic F-68 کاهش می‌یابد
تغییر کیفیت محصول (مانند گلیکوزیلاسیون) از طریق ردیابی CPP/CQA و انتخاب کلون کنترل می‌شود.
گرادیان‌های pH و مواد مغذی با بهبود زمان اختلاط و تغذیه توزیع‌شده مدیریت می‌شوند و پارامترهای غیرقابل توسعه با مدل‌های کوچک‌سازی و مدلسازی پیش‌بینی‌کننده تطبیق داده می‌شوند تا پایداری و کیفیت محصول حفظ شود.
#ترپن‌ها گروهی از ترکیبات آلی هستند که از واحدهای #ایزوپرنی تشکیل شده‌اند و نقش مهمی در #متابولیسم گیاهان و برخی میکروارگانیسم‌ها دارند. #بیوسنتز ترپن‌ها از دو مسیر اصلی انجام می‌شود: مسیر #مِوالونات (MVA) که در سیتوزول رخ می‌دهد و مسیر متیل‌اریتریتول‌فسفات (MEP) که در #پلاستیدها فعال است. این دو مسیر از طریق تولید ایزوپنتنیل دی‌فسفات (IDP) و دی‌متیل‌آلیل دی‌فسفات (DMADP) به هم مرتبط می‌شوند و پیش‌سازهای لازم برای تولید مونوترپن‌ها، سزکویی‌ترپن‌ها و دی‌ترپن‌ها را فراهم می‌کنند. تنظیم بیان ژن‌های کلیدی این مسیرها تأثیر مستقیمی بر میزان و نوع ترپن‌های تولید شده دارد، که در گیاهان دارویی مانند بابونه‌کبیر مشاهده شده است.
دانلود فصل
دانلود فصل
brahmkshatriya2013.pdf
1.3 MB
شیمی، نقش زیستی و کاربردهای بالینی ترپن ها
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/2337
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/2337
آشنایی با PubChem
پایگاه داده PubChem یک آرشیو عمومی شامل سه پایگاه داده اصلی (BioAssay، Compound، و Substance) است که اطلاعات گسترده‌ای درباره ترکیبات شیمیایی، از جمله مولکول‌های کوچک، لیپیدها، کربوهیدرات‌ها و توالی‌های اصلاح‌شده اسیدهای آمینه و نوکلئیک ارائه می‌دهد. این پایگاه داده شامل میلیون‌ها ساختار شیمیایی و نتایج آزمایش‌های زیستی است. بسیاری از رکوردهای PubChem شامل ارجاعات علمی به مقالات PubMed هستند و برخی مشارکت‌کنندگان اطلاعات زیست‌فعالیت را از متون علمی استخراج می‌کنند. همچنین، PubChem ارتباطی بین داده‌های موجود و مقالات علمی از طریق MeSH فراهم می‌کند که امکان جستجوی گسترده‌تر در منابع علمی را برای کاربران مهیا می‌سازد.
دانلود مقاله
پایگاه داده PubChem یک آرشیو عمومی شامل سه پایگاه داده اصلی (BioAssay، Compound، و Substance) است که اطلاعات گسترده‌ای درباره ترکیبات شیمیایی، از جمله مولکول‌های کوچک، لیپیدها، کربوهیدرات‌ها و توالی‌های اصلاح‌شده اسیدهای آمینه و نوکلئیک ارائه می‌دهد. این پایگاه داده شامل میلیون‌ها ساختار شیمیایی و نتایج آزمایش‌های زیستی است. بسیاری از رکوردهای PubChem شامل ارجاعات علمی به مقالات PubMed هستند و برخی مشارکت‌کنندگان اطلاعات زیست‌فعالیت را از متون علمی استخراج می‌کنند. همچنین، PubChem ارتباطی بین داده‌های موجود و مقالات علمی از طریق MeSH فراهم می‌کند که امکان جستجوی گسترده‌تر در منابع علمی را برای کاربران مهیا می‌سازد.
دانلود مقاله
s13321-016-0142-6.pdf
3.5 MB
آشنایی با پایگاه داده PubChem
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/2339
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/2339
modeller10.6-64bit.exe
14.3 MB
آخرین ورژن نرم افزار مدلر برای مدلسازی بر اساس الگو توالی های پروتئینی
پسورد نصب:
MODELIRANJE
توضیحات:
فایل با فرمت .exe برای نصب بروی ویندوز است و فایل deb برای نصب بر روی لینوکس 64 بیتی شامل توزیع های دبیان، فدورا و ابنتو است.
برای تمام یوزرهای ایران پسورد بالا استفاده می شود و تمامی کاربران ایرانی می توانند از این پسورد برای نصب این نرم افزار مدلسازی پروتئین به صورت اکادمیک استفاده نمایند.
قیمت: رایگان-اکادمیک
پسورد نصب:
MODELIRANJE
توضیحات:
فایل با فرمت .exe برای نصب بروی ویندوز است و فایل deb برای نصب بر روی لینوکس 64 بیتی شامل توزیع های دبیان، فدورا و ابنتو است.
برای تمام یوزرهای ایران پسورد بالا استفاده می شود و تمامی کاربران ایرانی می توانند از این پسورد برای نصب این نرم افزار مدلسازی پروتئین به صورت اکادمیک استفاده نمایند.
قیمت: رایگان-اکادمیک
آمینواسیدهایی که از سه مسیر اصلی متابولیسم سلولی ساخته می‌شوند عبارتند از:
#گلیکولیز:
⦁ آلانین (از پیرووات)
⦁ سرین، گلایسین و سیستئین (از ۳-فسفوگلیسرات)
⦁ آسپارتات و آسپاراژین (از اگزالواستات، البته اگزالواستات در گلیکولیز مستقیماً ساخته نمی‌شود ولی از پیرووات می‌تواند تولید شود).
#چرخه_کربس (اسید سیتریک):
⦁ گلوتامات، گلوتامین، پرولین و آرژینین (از آلفا-کتوگلوتارات)
⦁ آسپارتات و آسپاراژین (از اگزالواستات)
⦁ والین، لوسین و ایزولوسین (از سوکسینیل کوآ).
#مسیر_پنتوز_فسفات:
⦁ هیستیدین (از ریبوز-۵-فسفات)
⦁ آروماتیک‌ها مثل فنیل‌آلانین، تیروزین و تریپتوفان (از اریتروز-۴-فسفات و فسفوئنول پیرووات).
#گلیکولیز:
⦁ آلانین (از پیرووات)
⦁ سرین، گلایسین و سیستئین (از ۳-فسفوگلیسرات)
⦁ آسپارتات و آسپاراژین (از اگزالواستات، البته اگزالواستات در گلیکولیز مستقیماً ساخته نمی‌شود ولی از پیرووات می‌تواند تولید شود).
#چرخه_کربس (اسید سیتریک):
⦁ گلوتامات، گلوتامین، پرولین و آرژینین (از آلفا-کتوگلوتارات)
⦁ آسپارتات و آسپاراژین (از اگزالواستات)
⦁ والین، لوسین و ایزولوسین (از سوکسینیل کوآ).
#مسیر_پنتوز_فسفات:
⦁ هیستیدین (از ریبوز-۵-فسفات)
⦁ آروماتیک‌ها مثل فنیل‌آلانین، تیروزین و تریپتوفان (از اریتروز-۴-فسفات و فسفوئنول پیرووات).
این‌گونه رویدادها به لطف هوش مصنوعی با سرعت بیشتری رخ خواهند داد. این یک حسابرسی است. تعداد زیادی از اساتید ثروتمند تبدیل به "ستاره" شده‌اند، زیرا متوجه شده‌اند که مطالعات پژوهشی دانشگاهی به‌ندرت قابل تکرار هستند و تقلب علمی معمولاً چیزی بیش از یک توبیخ سطحی به همراه ندارد، به‌ویژه زمانی که دارای مرتبه استادی هستند. علاوه بر این، همیشه می‌توان تقصیر داده‌های نادرست را به گردن دانشجویان دکترا، پژوهشگران پسادکترا و دستیاران پژوهشی انداخت (دقیقاً همان کاری که این فرد انجام داد). پس چرا داده‌ها را جعل نکنیم؟
1748143877865.pdf
18.2 MB
نوشتن پروپوزال پژوهشی جایی است که بیشتر دانشجویان دچار مشکل می‌شوند.
نه به این دلیل که باهوش نیستند،بلکه به این دلیل که هیچ‌کس هرگز به آن‌ها نیاموخته است چگونه شروع کنند. این فایل اموزشی مصور می تواند در این زمینه به شما کمک کند تا یک پروپوزال آموزشی دقیق بنویسید
نه به این دلیل که باهوش نیستند،بلکه به این دلیل که هیچ‌کس هرگز به آن‌ها نیاموخته است چگونه شروع کنند. این فایل اموزشی مصور می تواند در این زمینه به شما کمک کند تا یک پروپوزال آموزشی دقیق بنویسید
سلول‌های حشرات مانند Sf9، Sf21 و Hi5 نقش مهمی در بیوتکنولوژی و صنایع واکسن ایفا می‌کنند، زیرا ترکیبی منحصر به فرد از سادگی و پیچیدگی یوکاریوتی را ارائه می‌دهند.
این سلول‌ها قابلیت بیان سطح بالای پروتئین‌های یوکاریوتی با تاخوردگی صحیح، اصلاحات پساترجمه‌ای پیچیده مانند پیوندهای دی‌سولفیدی و استفاده از سیستم‌های بیان ویروسی (BEVS) را دارند که ایمن، انعطاف‌پذیر و مقیاس‌پذیر هستند.
علاوه بر این، رشد در محیط‌های بدون سرم و به‌صورت معلق، دمای عملکرد پایین‌تر (۲۲-۲۷ درجه سانتی‌گراد) و غیر بیماری‌زا بودن برای انسان، آن‌ها را به گزینه‌ای مقرون‌به‌صرفه و ایمن‌تر از سیستم‌های سلولی پستانداران تبدیل کرده است.
کاربردهای صنعتی سلول‌های حشرات شامل تولید واکسن‌های نوترکیب (مانند HPV، آنفلوانزا و ویروس نیل غربی)، پروتئین‌های درمانی، ناقل‌های ویروسی برای ژن‌درمانی و ویروس‌های انکولیتیک، و تولید پروتئین‌های با بازده بالا برای بررسی ساختار زیستی است. این سلول‌ها پلی میان سادگی باکتریایی و پیچیدگی پستانداران ایجاد کرده‌اند و به دلیل کارایی بالا، مقیاس‌پذیری و ایمنی زیستی، جایگاه ویژه‌ای در صنعت دارند.
این سلول‌ها قابلیت بیان سطح بالای پروتئین‌های یوکاریوتی با تاخوردگی صحیح، اصلاحات پساترجمه‌ای پیچیده مانند پیوندهای دی‌سولفیدی و استفاده از سیستم‌های بیان ویروسی (BEVS) را دارند که ایمن، انعطاف‌پذیر و مقیاس‌پذیر هستند.
علاوه بر این، رشد در محیط‌های بدون سرم و به‌صورت معلق، دمای عملکرد پایین‌تر (۲۲-۲۷ درجه سانتی‌گراد) و غیر بیماری‌زا بودن برای انسان، آن‌ها را به گزینه‌ای مقرون‌به‌صرفه و ایمن‌تر از سیستم‌های سلولی پستانداران تبدیل کرده است.
کاربردهای صنعتی سلول‌های حشرات شامل تولید واکسن‌های نوترکیب (مانند HPV، آنفلوانزا و ویروس نیل غربی)، پروتئین‌های درمانی، ناقل‌های ویروسی برای ژن‌درمانی و ویروس‌های انکولیتیک، و تولید پروتئین‌های با بازده بالا برای بررسی ساختار زیستی است. این سلول‌ها پلی میان سادگی باکتریایی و پیچیدگی پستانداران ایجاد کرده‌اند و به دلیل کارایی بالا، مقیاس‌پذیری و ایمنی زیستی، جایگاه ویژه‌ای در صنعت دارند.