واکنش های تک سوبسترایی نوعی از واکنش های انزیمی هستند که می توان از طریق‌مدل انزیمی میکائلیس-منتن انها را توصیف کرد، اما همه ی واکنش های انزیمی تک سوبسترایی نیستند و غالب واکنش های زیستی به صورت دو یا چند سوبسترایی هستند که از معادله Lineweaver-Burk بایستی برای توصیف انها استفاده کرد. در ویدیو پیوست اساس واکنش های دو سوبسترایی و پینگ پنگی توضیح داده شده است که علاقه مندان به مباحث آنزیمی می توانند از محتویات آن استفاده نمایند.

لینک مشاهده

🧩 https://www.tgoop.com/IRBioinformatics

انتخاب فیلتر سرنگی مناسب برای محلول های ازمایشگاهی
✔️ فیلتر مناسب رو بر اساس نوع محلول انتخاب کنید، نه فقط سایز منافذ.
✔️ فیلتر PES برای محلول‌ های آبی عالیه. اما اگه با حلال‌ های آلی یا محلول‌ های غلیظ کار می‌ کنی، سراغ PTFE یا PVDF برید.

نسخه نهایی نرم افزار ligplot+ برای برای مشاهده برهمکنش های پروتئین-لیگاند

#ترپن‌ها گروهی از ترکیبات آلی هستند که از واحدهای #ایزوپرنی تشکیل شده‌اند و نقش مهمی در #متابولیسم گیاهان و برخی میکروارگانیسم‌ها دارند. #بیوسنتز ترپن‌ها از دو مسیر اصلی انجام می‌شود: مسیر #مِوالونات (MVA) که در سیتوزول رخ می‌دهد و مسیر متیل‌اریتریتول‌فسفات (MEP) که در #پلاستیدها فعال است. این دو مسیر از طریق تولید ایزوپنتنیل دی‌فسفات (IDP) و دی‌متیل‌آلیل دی‌فسفات (DMADP) به هم مرتبط می‌شوند و پیش‌سازهای لازم برای تولید مونوترپن‌ها، سزکویی‌ترپن‌ها و دی‌ترپن‌ها را فراهم می‌کنند. تنظیم بیان ژن‌های کلیدی این مسیرها تأثیر مستقیمی بر میزان و نوع ترپن‌های تولید شده دارد، که در گیاهان دارویی مانند بابونه‌کبیر مشاهده شده است.

دانلود فصل

شیمی، نقش زیستی و کاربردهای بالینی ترپن ها
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/2337

آشنایی با پایگاه داده PubChem
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/2339

آمینواسیدهایی که از سه مسیر اصلی متابولیسم سلولی ساخته می‌شوند عبارتند از:

#گلیکولیز:
⦁ آلانین (از پیرووات)
⦁ سرین، گلایسین و سیستئین (از ۳-فسفوگلیسرات)
⦁ آسپارتات و آسپاراژین (از اگزالواستات، البته اگزالواستات در گلیکولیز مستقیماً ساخته نمی‌شود ولی از پیرووات می‌تواند تولید شود).

#چرخه_کربس (اسید سیتریک):
⦁ گلوتامات، گلوتامین، پرولین و آرژینین (از آلفا-کتوگلوتارات)
⦁ آسپارتات و آسپاراژین (از اگزالواستات)
⦁ والین، لوسین و ایزولوسین (از سوکسینیل کوآ).

#مسیر_پنتوز_فسفات:
⦁ هیستیدین (از ریبوز-۵-فسفات)
⦁ آروماتیک‌ها مثل فنیل‌آلانین، تیروزین و تریپتوفان (از اریتروز-۴-فسفات و فسفوئنول پیرووات).

این‌گونه رویدادها به لطف هوش مصنوعی با سرعت بیشتری رخ خواهند داد. این یک حسابرسی است. تعداد زیادی از اساتید ثروتمند تبدیل به "ستاره" شده‌اند، زیرا متوجه شده‌اند که مطالعات پژوهشی دانشگاهی به‌ندرت قابل تکرار هستند و تقلب علمی معمولاً چیزی بیش از یک توبیخ سطحی به همراه ندارد، به‌ویژه زمانی که دارای مرتبه استادی هستند. علاوه بر این، همیشه می‌توان تقصیر داده‌های نادرست را به گردن دانشجویان دکترا، پژوهشگران پسادکترا و دستیاران پژوهشی انداخت (دقیقاً همان کاری که این فرد انجام داد). پس چرا داده‌ها را جعل نکنیم؟

نوشتن پروپوزال پژوهشی جایی است که بیشتر دانشجویان دچار مشکل می‌شوند.

نه به این دلیل که باهوش نیستند،بلکه به این دلیل که هیچ‌کس هرگز به آن‌ها نیاموخته است چگونه شروع کنند. این فایل اموزشی مصور می تواند در این زمینه به شما کمک کند تا یک پروپوزال آموزشی دقیق بنویسید

سلول‌های حشرات مانند Sf9، Sf21 و Hi5 نقش مهمی در بیوتکنولوژی و صنایع واکسن ایفا می‌کنند، زیرا ترکیبی منحصر به فرد از سادگی و پیچیدگی یوکاریوتی را ارائه می‌دهند.

این سلول‌ها قابلیت بیان سطح بالای پروتئین‌های یوکاریوتی با تاخوردگی صحیح، اصلاحات پساترجمه‌ای پیچیده مانند پیوندهای دی‌سولفیدی و استفاده از سیستم‌های بیان ویروسی (BEVS) را دارند که ایمن، انعطاف‌پذیر و مقیاس‌پذیر هستند.

علاوه بر این، رشد در محیط‌های بدون سرم و به‌صورت معلق، دمای عملکرد پایین‌تر (۲۲-۲۷ درجه سانتی‌گراد) و غیر بیماری‌زا بودن برای انسان، آن‌ها را به گزینه‌ای مقرون‌به‌صرفه و ایمن‌تر از سیستم‌های سلولی پستانداران تبدیل کرده است.


کاربردهای صنعتی سلول‌های حشرات شامل تولید واکسن‌های نوترکیب (مانند HPV، آنفلوانزا و ویروس نیل غربی)، پروتئین‌های درمانی، ناقل‌های ویروسی برای ژن‌درمانی و ویروس‌های انکولیتیک، و تولید پروتئین‌های با بازده بالا برای بررسی ساختار زیستی است. این سلول‌ها پلی میان سادگی باکتریایی و پیچیدگی پستانداران ایجاد کرده‌اند و به دلیل کارایی بالا، مقیاس‌پذیری و ایمنی زیستی، جایگاه ویژه‌ای در صنعت دارند.

دوستان اگر قصد اپلای دارین از این اکسل میتونین استفاده کنین که به صورت هدف مند ایمیل بزنید. در هر ستون اطلاعات لازم را وارد کنید و بعد اساتیدی که جوابتون میدن رو تیک بزنین و اونایی که هنوز جواب ندادن رو مشخص کنین تا دوباره ریمایند کنید. دقت داشته باشید در پروسه اپلای دیسیپلین ایمیل زدن شما خیلی خیلی مهمه و به شما کمک میکنه یک اپلای هدفمند داشته باشین.
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/2349

دوستان الفافولد بزارین کنار!
ابزار D-I-TASSER یک روش پیشرفته مبتنی بر یادگیری عمیق برای پیش‌بینی ساختار و عملکرد پروتئین‌ها با دقت بالا است.

این روش از ترکیب چندین مدل یادگیری عمیق برای تحلیل داده‌های ژنومی و متاژنومی، ایجاد نقشه‌های تماسی و فاصله‌ای بین اسیدهای آمینه، و مدل‌سازی ساختارهای پروتئینی کامل استفاده می‌کند.

همچنین از الگوریتم‌های پیشرفته برای یافتن الگوهای مشابه در بانک اطلاعاتی PDB و ترکیب قطعات ساختاری بهره می‌برد. D-I-TASSER در جدیدترین آزمایش CASP15 به عنوان برترین سیستم شناخته شده و دقت بالاتری نسبت به AlphaFold2 و AlphaFold3 ارائه می‌دهد.
1-Software: https://zhanggroup.org/D-I-TASSER/
2- Paper: https://www.nature.com/articles/s41587-025-02654-4